Добавь в таблицу users столбик: `last_update_en` int(11) NOT NULL
Затем в шапке это:
<?
if(isset($user)){
$plus_en = time()-$user[\'last_update_en\']; //одна секунда времени - одна энергия
mysql_query(\"UPDATE `users` SET `en` = `en`+\'\".$plus_en.\"\', `last_update_en` = \'\".time().\"\' WHERE `id` = \'\".$user[\'id\'].\"\' LIMIT 1\";
}
?>

Восстановления будет идти, если игрок переходит по страницам