ELARI™, Если php запускается в режиме fastCGI , то конечно будет выдавать ошибку 500. В этом режиме php не является модулем apache, а запускается как независимый cgi-скрипт. Соответственно директивы php_value/flag не будут поддерживатся, их нужно закомментировать

ELARI™, Для изучения проблемы нужен доступ к логам apache, потому что так сказать сложно.
Могу предположить, что веб-сервер ругается на Option Symlink, но это пальцем в небо