GraF, то есть что я имею ввиду - ckeditor здесь ни при чём имхо

GraF, А что подробнее? Посмотри, обрабатываешь ли ты какой то функцией текст перед записью в бд, при его выводе. От этого и пляши. Ведь ckeditor добавляет html-теги, а htmlspecialchars преобразует их в сущности, strip_tags вообще убирает какие-либо теги.

Ну так наверное htmlspecialchars или еще чем его прогоняешь. Если да, то htmlspecialchars_decode() - есть такая функция