Смотря что подразумевается под "скрипт". Если у тебя на сайте есть скрипт в архиве, например в корне mysite.zip и его можно скачать по ссылке сайт.ру/mysite.zip нужно смотреть логи веб сервера (апачь или nginx).
Если по ФТП скачивали то соответственно логи фтп смотреть. Ну а если ты дала кому-то доступ от панели управления хостингом, а он скачал бэкап всей площадки то печаль беда)