Когда это создается несколько записей? Когда ты гость?
Попробуй
<?php
if(!empty($user)){
$visit = mysql_fetch_assoc(mysql_query("SELECT * FROM `who_theme` WHERE `id` = '".$id."'"
);
if($visit['us'] != $user['id']) {
mysql_query("INSERT INTO `who_theme` SET `theme` = '".$id."', `us` = '".$user['id']."', `time` = '".time()."'"
;
}else{
mysql_query("UPDATE `who_theme` SET `time` = '".time()."' WHERE `us` = '".$user['id']."'"
;
}
}
?>