Ruzon, делается это всё не вручную
Скриптом хакеры сканируют сайты на предмет уязвимостей, если уязвимости есть, заливаются шеллы и т.д.
Это всё делается на автомате и в огромных количествах, и вычищать подобное не просто

Шелл ищите в движке, скорей всего взломали