Сначала на странице категорий циклом извлекаешь с базы, id категорий,
потом в ссылку (на страницу, которая будет принимать id твоей категории, идти в базу, проверять, существует ли такая категория, и извлекать так же подкатегории, айдишники и тд) добавляешь к ней уникальный id, например:
subcat.php?cat_id=1

А потом уже в файле
subcat.php

проверяешь $_GET['cat_id']
он будет равен переданному по ссылке параметру

Аналогично потом в подкатегории, при переходе на файл