Fallen, ну как по мне,так проще..например каждому модулю дать класс,в итоге и инклудов меньше и путанины..

если бы я сейчас начинал писать кмс.. то разбил бы все на классы и обьекты, в 1-2 файла и там жде нужно подключал бы
,как тут делал..
http://profiwm.com/zc/file4389