Мы с тобой разговариваем о разных вещах.

RewriteEngine On
RewriteRule ^.*$ index.php?route=$1 [NC,L]

Дед Мороз,Не много не правильно понял сразу первый пост.В общем смотри реализацию.

В htaccess:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -s [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -l [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^.*$ - [NC,L]
RewriteRule ^.*$ index.php [NC,L]

В роутер:

<?php
$uri = array(
\'/user?id=(\\d+)\' => \'/user/$1\'
);

foreach ($uri as $key => $value){
if (preg_match(\'|\' . $key . \'|ui\',$_SERVER[\'REQUEST_URI\'])){
$result = preg_replace(\'|\' . $key . \'|is\',$value,$_SERVER[\'REQUEST_URI\']);
}
}
return $result ? $result : $_SERVER[\'REQUEST_URI\'];
?>

Теперь разбирай $result - будет твой uri (controller,action,params)

Надеюсь понятно,что делать дальше?

Fallen, Ты пытаешься использовать mod_rewrite в MVC системе.Его не стоит использовать,для этого имеется более трушная реализация ^

Лучше бы сделать маршруты в роутер,то есть имеем такой массив
<?php
array(
\'user/(\\d+)\' => \'user/id/$1\',
//И т.д
);
?>

Роутером парсишь все ключи и если есть совпадение подключаешь нужный контроллер.