Fallen, За правильность ничего сказать не могу ибо даже взять фреймворки,на каждом сделано по разному.
Я лично на Yii все запросы произвожу в контролере.Но как мне кажется правильней запросы делать в модели...

Ну смотри,в модели создаёшь методы для работы с иной таблицей,это может быть выборка,апдейт или инсерт.А затем в контроллере вызываешь эти методы.
--------------
Хотя в некоторых фреймворках изначально все действия с БД производят в контроллерах.Здесь не много не понятно их действия