Trec80, точно
упустил из виду, что тебе надо не всё обнулять

вот update nTop`a, мб по аналогии и сделаешь:
<?php

define('NTOP', 1);
require_once ('connect.php');
require_once ('core.php');
require_once ('function.php');
$update = mysql_query("UPDATE `".$prefix."sait` SET `hosts` = '0', `hits` = '0', `in` = '0', `out` = '0'";
$saits = mysql_query("SELECT * FROM `".$prefix."sait`";
while($row = mysql_fetch_array($saits))
{
$pr=getPageRank($row['url']);
$cy=intval(cy($row['url']));
$up = mysql_query("UPDATE `".$prefix."sait` SET `pr`='".$pr."', `cy`='".$cy."' WHERE `id` = '".$row['id']."'";
}
mysql_query("TRUNCATE TABLE `".$prefix."online`";
mysql_query("TRUNCATE TABLE `".$prefix."sait_online`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."online`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."sait_online`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."cat`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."go`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."hits`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."hosts`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."images`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."ip`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."ip_name`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."news`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."news_comments`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."reputation`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."sait_comments`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."sait`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."settings`";
mysql_query("OPTIMIZE TABLE `".$prefix."users`";
$log = "Top Update: ".data(time())."rn";
$fp = fopen("top_log.ntop", "a";
fwrite($fp, $log);
fclose($fp);
?>

о, ток что заметил, что и оптимизация идёт

чёт двойных кавычек дохренище