System, 1) "Апачь то стартует, но не директорий и не чего не работает, хотя домены записаны, в панели они тоже не проявляются!"
В таком случае лучше обратится к специалисту, который сможет посмотреть и решить проблему. Вообще, если есть пробелы в администрировании, то лучше рассматривать варианты администрируемых серверов, пусть немного дороже, но в итоге вы значительно сэкономите. В любом случае в вопросе о suexec, дело не в mpm-itk.
2) "Кстате, а что вы говорили на счет
open_basedir ?"
open_basedir позволяет ограничить доступ для php-скриптов выше корневой www-директории домена. Если shell на php , то это вполне решит задачу.
3) Да и кстати, а что за скрипт то такой, что нужен именно mpm-itk? Что мешает ему работать например под fastCGi? Я вообще впервые слышу о какой то прямой зависимости между php-скриптом и Apache , пропатченным патчем itk

System, В чем это проявляется? Апач стартует, если оставить suexec в конфиге?

System, Что-то делаете неверно на этапе установки/настройки. Полагаю что скорее всего в конфиге ispmgr. Конкретнее не могу подсказать, не экстрасенс)
Да и вообще, не проще ли создать отдельный аккаунт для каждого домена, если уж вам так критично что шелл работает? Как по мне, нужно просто не допускать чтобы вам их заливали

System, Ну так все верно, шелл и будет работать в пределах аккаунта, это вполне логично, ведь папки и файлы принадлежат одному пользователю.
Как вариант, можно попробовать поигратся с open_basedir, либо оставить suexec, он не конфликтует с itk