kisher3, если так,то попробуй

<?php

$start_time = microtime(true);
$start_array = explode(" ",$start_time);
$start_time = $start_array[1] + $start_array[0];

//твой код

$end_time = microtime(true);
$end_array = explode(" ",$end_time);
$end_time = $end_array[1] + $end_array[0];
$time = ($end_time - $start_time);
echo round($time*1000) . ' msec';

тебе нужно чтоб время показывало именно в миллисекундах?