Этот класс действительно не работал с твоей версией библиотеки, даже где-то я натыкался на патч, правда не вспомню где. Какой то буржуйский форум.

ByUNNAMED, Нужно понизить версию ffmpeg . В данном случае с версией 0.10.х ты скорее всего не соберешь модуль, если только координально не патчить.
+ мне кажется у тебя в первом случае было дело не в GD , а коде, возможно он писался под старые версии , потому на новых и не работает. Лично на своем проекте мы с таким сталкивались, когда скрипт не генерировал скрины с ffmpeg выше 6ки

ByUNNAMED, Печально.
Исходник для сборки откуда берется?

ByUNNAMED, А откуда берется сырец php-ffmpeg?

ByUNNAMED, А библиотека ffmpeg на сервере присутствует?
Такое ощущение , что либо нет , либо php-ffmpeg просто не видит , ввиду конфликта софта