forsim, phpbb-wap и web версия к нему два не зависимых скрипта, с загрузкой файлов проблем нет и их отображением.

Там сделано просто, в вебке указаны пути для файлов и аватаров относительно корня. Вебка в папке. Если wap в папке, то соответственно пути менять в ней.
Самый правильный вариант - основной сайт web, мобильный в папке с поддоменом wap. или m. , так яндекс будет корректно индексировать.

Можно в одном скрипе выполнить автоопределение версий и переключение с помощью куков.
Можно два не зависимых скрипта, размещённых в разных папках/поддоменах использовать с одной бд. Тут как душа ляжет.