Danya, С этим я не сталкивался. Можно проверять содержимое файла регуляркой, на поиск eval, fopen, include... Но это зашквар. Отключить через штакетник запуск скриптов в директории, и уже ничего не случится.

Danya, Ты проверяй и мем тип, и формат файла. Если уж и подменят, то сайту не навредят.

Mime type