При помощи командной строки. Пуск - Все программы - Стандартные - Командная строка. В командной строке вводим

convert [буква диска] : /fs:ntfs

Открываем Диспетчер устройств: Пуск - Панель управления - Система - Оборудование - Диспетчер устройств. Подключаем флешку и в Диспетчере устройств в разделе Дисковые устройства находим нашу флешку. Кликаем правой клавишей мышки и в Свойствах выбираем Политика и переключаем на "Оптимизировать для выполнения". Теперь стандартными средствами можно отформатировать флешку в NTFS. После форматирования в том же Диспетчере устройств необходимо вернуть в Свойствах - Политика на "Оптимизировать для быстрого удаления"