[DеD_ПыХтО], Ну тогда ничего не подскажу, нужно иметь больше информации, чтоб делать выводы.
В данном случае разумный вариант - обратится в поддержку

[DеD_ПыХтО], 1) Причину искать стоит в .htaccess, скорее всего там вызывается какой то из модулей, которого нет в apache.
Смотрим phpinfo, проверяем .htaccess
2) "дальше прикол если просто создаю index.php ЧИСТЫЙ. выдает Not Found"
Ты переходишь по адресу сайта или же http://domen.ru/index.php ?
В первом случае может просто не определен DirectoryIndex