По сути Cloud такая штука, что она заменяет настройки сервера и частично администратора
Разрабы рекомендуют вот что
http://docs.cloudlinux.com/limits.html
нагрузку может снять LVE а не CageFS (если конечно есть таковая нагрузка, что можно залимитить), но в большинстве случаев узким местом является mysql
Так что в первую очередь нужно смотреть на стату онлайн/оффлайн через мониторинг (тот же atop прекрасно умеет делать снапшоты состояния системы)
И уже на месте разбираться куда уходит мощность сервера
Про LA при CloudLinux можете вообще частично забить, так как если у клиента выставлено 100 Nproc (процессов) и все они медленные (sleep) то LA Вам покажет 100, при этом нагрузки на сервере не будет
В принципе аналогично как на ноде OpenVZ, и из-за одного контейнера LA до запредельных циферок подымается без проблем, не нарушая работу ноды