Metronome prod., Самое главное решение - не подключать 100500 репозиториев в данной ситуации. Ничего там не сбивается , элементарный конфликт зависимостей.
Собственно все можно посмотреть в логе.
В целом, поддерживаю Макстора, гораздо продуктивнее работать с SSH , чем пользоваться средствами панели, тем более ISPmanager