Как вариант, может бэкап делаться и в это время нагрузка поднимается. Лучше всего , если есть ssh доступ, то в момент нагрузки посмотреть, что за прожора поселился.
На своем опыте знаю, бэкап, крон или парсер очень прилично могут нагрузить. Даже сервер, даже сильный сервер.