Вместо этого:
<?php
$array = array('Элемент 1', 'Элемент 2', 'Элемент 3');
?>
нужно всего лишь сделать многомерный массив)
<?php
$array = array(array('value1' => 1, 'value' => 2),array('value1' => 1, 'value' => 2),array('value1' => 1, 'value' => 2));
?>

Примитивненько
<?php
/* Пишем инфу в файл */
$array = array('Элемент 1', 'Элемент 2', 'Элемент 3');
$data = json_encode($array); // преобразуем в json строку
file_put_contents('file.dat', $data); // сохраняем

/* Достаем из файла */
$data = file_get_contents('file.dat');
$array = json_decode('file.dat', true); // Получаем тот же массив
?>