Если у нового скрипта будет другая структура url'ов, то проиндексированные страницы вылетят из пс
Не обязательно. Если будут беклинки то всё норм будет
Конечно с пс трафик упадет.считай ве с 0.я бы нетрогал его а сделал бы на новом домене