Я что то уже запутался, голова квадратная уже. Ну понимаешь я же запретил пхп уже или я не так понимаю что то. Самое главное на локалке все губ.
Та уже задумался над этим, недавно смотрел уроки по созданию фреймворков.
Я честно не оч понял твою структуру.
RewriteRule ^(.*)$ $1.php
будет в любой адрес добавлять .php в конец строки.
Да и вообще это не практично, всеравно любой юзверь может получить доступ к файлам php. Если уж делать по старинке - нужно делать подобие роутов
А суть - что не в списке разрешений - то запрещено.
RewriteRule ^index/([a-z0-9-]+)$ index.php?$1 [L,QSA]
При таком раскладе будет при адрес/index/news кидать на index.php?news
---
Поизучай лучше yii или laravel, документации и видеоуроков много в нете.
Ясно, спасибо. Сейчас попробую по другому.
Правила: 
