Всё построено вокруг рекурсии, и каждый каталог рекурсивно обследуется. А когда полностью обследован (а также все его подкаталоги), то возвращаемся в цикл и двигаемся дальше. Такой процесс происходит абсолютно с каждым каталогом, который попадается на пути.

                        
<?php

  function showTree($folder, $space) {

    /* Получаем полный список файлов и каталогов внутри $folder */

    $files = scandir($folder);

    foreach($files as $file) {

      /* Отбрасываем текущий и родительский каталог */

      if (($file == '.') || ($file == '..')) continue;

      $f0 = $folder.'/'.$file; //Получаем полный путь к файлу

      /* Если это директория */

      if (is_dir($f0)) {

        /* Выводим, делая заданный отступ, название директории */

        echo $space.$file."<br />";

        /* С помощью рекурсии выводим содержимое полученной директории */

        showTree($f0, $space.'&nbsp;&nbsp;');

      }

      /* Если это файл, то просто выводим название файла */

      else echo $space.$file."<br />";

    }

  }

  /* Запускаем функцию для текущего каталога */

  showTree("./", "");

?>