В массиве $vnut только ссылки внутренние, в массиве $vnech только внешние ссылки.

                        
<?php

$html=file_get_contents ('http://wap-seo.ru');

$url='popsu.net';

$vnut=array();

$vnech=array();

preg_match_all('~<a [^<>]*href=[\'"]([^\'"]+)[\'"][^<>]*>(((?!~si',$html, $matches);

foreach ($matches[1] as $val) {

if (!preg_match("~^[^=]+://~", $val) || preg_match("~^[^://]+://(www\.)?".$url."~i", $val)) { $vnut[]=$val; }

else $vnech[]=$val;

}

$vnut=array_unique ($vnut);

$vnech=array_unique ($vnech);

print_r ($vnut);

print_r ($vnech);

?>