Я думаю ни для кого не секрет, что в PNG реализована поддержка альфа канала. То есть цвет задается четырьмя компонентами: R (красный), G (зеленый), B (синий), альфа. Альфа канал задает прозрачность конкретного пикселя.
А вот GIF-е прозрачность реализована по-другому. В нем один из используемых цветов (любой, на выбор автора картинки) объявляется как прозрачный, и при отрисовке данной картинки пиксели имеющие данный цвет заменяются прозрачными пикселями.