<?php

  session_start(); // Начинаем сессию

  $ts = time(); // Получаем текущее время

  $s_time = (empty($_SESSION["time"]))? 0: $_SESSION["time"]; // Если пользователь обращается к скрипту впервые, то устанавливаем значение 0, иначе берём его из сессии

  $_SESSION["time"] = $ts; // Обновляем значение сессии

  if ($ts - $s_time > 2) { // Если с момента предыдущего обращения прошло больше 2 секунд

    echo "Тут сложный скрипт"; // Выполняем скрипт

  }

  else echo "Хватит постоянно обновлять страницу!"; // Выводим сообщение об ошибке

?>