donttime, а крон будет проверять если там только доступ админу есть?
Отдельный исполняемый файл сделай, не привязанный к своему ui.
Cron может запускать скрипт с любой папки, так что можно поместить его за пределы папки общего доступа и никто больше туда не попадёт. Об этом говорилось выше