Использовать шаблонизатор и хранить шаблоны для каждой темы в отдельной папке. Определять, используется ли у пользователя какая то тема и использовать папку с шаблонами той темы. Ничего не использует - делаем по дефолту. Всё просто
DeadPool, Просто сайт на габбах.