заходишь в свою таблицу с юзерами, вверху вкладка "Операции", ищешь поле AUTO_INCREMENT, выставляешь 1, жмёшь ок и всё готово. это при условии, что юзеры были очищены.
P.S. скрин не мой
проще воспользоваться запросом truncate table `таблица` ;
спасибо Mobiaaa
Если удаляешь все записи то лучше так:
...query("TRUNCATE TABLE `таблица`"...